L'agent comptable est un comptable public. Il est seul chargé de la tenue de la comptabilité générale

l'agent comptable dispose d'une indépendance non seulement à l'égard du directeur de l'établissement public mais encore à l'égard de l'autorité qui l'a nommé.
Cette indépendance est la contrepartie de la responsabilité pécuniaire qui lui est propre.
À la fin de chaque exercice, l’agent comptable, en fonction, prépare le compte financier de l’établissement pour l’exercice écoulé. Dans l’exercice de ces attributions, le comptable est tenu d’exercer un certain nombre de contrôles : 
En matière de recettes, le contrôle : - de l’autorisation de les percevoir (qualité de l’ordonnateur) ; - de la mise en recouvrement des créances ; - de la régularité des réductions et des annulations des ordres de recettes.
En matière de dépenses, le contrôle : -de la qualité de l’ordonnateur ou de son délégué : la personne qui donne l’ordre de payer est-elle dûment habilitée ? -de la disponibilité des crédits : les crédits nécessaires à la dépense sont-ils disponibles dans le budget ? -de l’exacte imputation des dépenses : la dépense est-elle imputée au chapitre qu’elle concerne selon sa nature ou son objet ?